Caro Cid,
O projeto, em si, não é de grande complexidade. Até acho que seria interessante que a aplicação PHP fosse implementada como um WEB SERVICE, usando SOAP ou REST, o que tornaria mais fácil e segura a comunicação com a aplicação Android.
Se entendi bem, você customizaria o APK antes de enviá-lo para determinado usuário, personalizando o código de acesso dele. É isso mesmo ou você teria vários usuários com um mesmo código de identificação? Se estou certo, a aplicação com a tela de configuração seria externa ao APK, correto?
De qualquer forma, estou enviando minha proposta abaixo, incluindo as diversas etapas do projeto, partindo do princípio de que o APK será customizado através de uma aplicação DESKTOP externa, já que seria impossível a uma aplicação Android modificar o próprio APK de sua distribuição.
Saliento que só estarei disponível para esse desenvolvimento a partir da primeira semana de Janeiro.
Atenciosamente,
José Carlos da Silva.