Estimado señor:
En el pasado ya realicé un proyecto parecido pero para el sector de 'comida por encargo' en la que se comunicaban los pedidos de los dispensarios a la "cocina" para su preparación.
De todas maneras su proyecto es más particular.
Yo le realizaría una app Windows de escritorio donde, además de "mantener" una serie de datos de configuración, se realizaría el/la "chequeo/sincronización períodico/as" de las tablas en cuestión. Eso sí, trataría de optimizar el proceso para minimizar el consumo de recursos. Para ello, quizás, crearía a nivel SErver alguna/s "tabla/s de apoyo" a la sincronización, las cuales estaría mantenidas desde unos "triggers" de las tablas citadas.
De todas maneras, hasta que no conozca la problemática al detalle no podré proponer una solución lo más eficiente y práctica posible.
Saludos.
NOTA: El precio es orientativo hasta conocer el detalle. No cobro hasta resultados.